Jennifer Garner sinh ngày 17 tháng 4 năm 1972 tại Houston, Texas, nhưng chuyển đến Charleston, West Virginia khi mới ba tuổi.[2] Bố của cô, William John Garner, là kỹ sư hóa làm việc cho hãng Union Carbide còn mẹ cô, Patricia Ann (nhũ danh English), là một người nội trợ và sau này là giáo viên tiếng Anh tại một trường cao đẳng địa phương.[3][4] Cô có một chị gái, Melissa Wylie, và một cô em gái, Susannah Carpenter. Garner đã mô tả mình như một đứa trẻ trung bình điển hình đã tìm cách phân biệt mình với người chị gái tài giỏi của mình.[5][6] Trong khi Garner không lớn lên trong một gia đình hoạt động chính trị,[7] cha cô "rất bảo thủ" và mẹ cô "xanh lặng lẽ."[8] Cô học ở United Methodist Church địa phương mỗi ngày Chủ nhật và theo học Trường Vacation Bible.[9] Vào thời kỳ tuổi niên thiếu, Garner và các chị em của mình không được phép trang điểm và sơn móng tay, đục lỗ tai hoặc nhuộm tóc;[10][11] cô đã đùa rằng "việc cố chống lại" của gia đình trên thực tế là Amish."[12]